我們上回說道，英法雙方開始拉鋸，誰也無法一下子獲得勝利。
法軍此刻急需一名經驗豐富的炮手，而就在這個時候，拿破侖出現了。
本來，他是奉調前往一個海防部隊去的，剛好路過革命軍部隊駐地。他的同鄉、老朋友薩利希蒂，這時作為國民公會的特派員，正好就在卡爾托將軍的司令部里。經薩利希蒂推薦，年輕的拿破侖接替了馬爾蒙少校的職務，擔任土倫平叛部隊的炮兵指揮官。這一任命很快就得到了巴黎軍事當局的批準。誰也沒有料到，正是這樣一個偶然的機遇，使拿破侖獲得了一個初試鋒芒的舞臺。
9月中旬，拿破侖到達了土倫前線，接管了卡爾托部隊整個炮兵的指揮事宜。但他很快發現，這里的炮兵形同虛設，既無足夠的火炮，又無充足的彈藥，在他到來以前，只有幾門破破爛爛的野戰炮和臼炮，由一名軍官一籌莫展地看管著。士兵們沒有起碼的素養，也沒有經過認真的訓練，他們既不會使用火炮，更不懂得如何修理。
更可笑的是，他的上司卡爾托將軍，競缺乏炮兵方面的起碼常識，對他那很少的幾門炮，連射程有多遠都一無所知。
不過有作為的人，即使在惡劣的環境中也能展開非凡的、富有創造性的工作。為了改變炮兵的落后狀態，拿破侖不顧旅途的疲勞，立刻投入了緊張的工作。
首先，他想方設法搜集各種火炮。在不長的時間里，便弄到近百門大口徑火炮，其中有遠射程的臼炮（既所謂的圍城炮），有發射24磅炮彈的大炮（既重炮），還有大量的彈藥。接著，他派專人到里昂和格勒諾布爾等地，搜集一切有用的軍械器材，并且在奧利烏爾建立了一個有80名工人的軍械工廠。為了解決炮兵的機動和工事構筑問題，拿破侖征用了從尼斯到瓦朗斯和蒙彼利埃一帶的馬匹用于運輸火炮，并在馬賽安排生產了幾萬個供修筑炮壘用的柳條筐。
拿破侖不僅是一個出色的組織者，而且是一個腳踏實地的實干家。他經常深入土倫前線，和士兵滾在一起，用自己的實際行動和表率作用影響士兵，激勵他們的干勁和革命精神。不久后，接替卡爾托擔任司令官的多普將軍，后來回憶拿破侖時，曾經贊賞地寫道：“我發現，他總是堅守在自己的工作崗位上，即使需要休息，也是裹著大氅，睡在地上。他從未離開過炮群。”
就這樣，拿破侖的驚人才干和廢寢忘**神，很快地在法國士兵中傳開了。他博得了上級的器重和贊賞，不久，被晉升為炮兵少校。
由于敵人防守嚴密，法朗炮臺的火力非常猛烈，而且地形十分險要，法軍的幾次攻擊均未奏效，被迫停止攻擊，退回原來陣地。
4，000人分成兩路同時出擊，一路向西，一路向西北，企圖重新奪占馬爾博斯克與奧利烏爾之間的陣地，同時奪取位于勃列加海角的戈拉炮壘和圣克洛特炮壘，改變土倫西面和西北面的防御態勢（這兩個最近才由拿破侖指揮構筑的炮壘），直接對小停泊場構撤回土倫。
法軍再一次對布倫海角發起猛攻，經過數小時激戰，終于攻占了具有重要戰術價值的布倫海角高地。首次轟擊停泊在小停泊場內的英國艦隊，給敵人造成很大損失。然而，由于整個戰場的兵力對比仍然于法軍不利，法軍對于依托堅固要塞的聯軍，沒有形成必要的優勢，同時，也沒有采取正確的攻城戰術和作戰手段，致使整個戰場仍然處于僵持局面。
進攻土倫的作戰計劃，早在7月底召開的軍事會議上就已基本確定。當時，會議認為：鑒于土倫東面的法朗山地地形險要，炮壘堅固，易守難攻，且有重兵防守，因此，不宜將主要兵力集中于東線，而應將主要進攻方向選擇在敵人防御薄弱的西線，即從奧利烏爾方向進擊，從西面奪占土倫。討論巴黎下達的新的作戰計劃。這個計劃規定：集中一支60，000人的軍隊，不管敵人正面的火力如何，而從東、西兩個方向同時發起進攻。首先，奪占法朗山地、法朗炮臺、魯日炮臺、勃蘭炮臺和圣卡特林炮臺，粉碎敵人的外圍防線；爾后，前出到土倫要塞附近，挖掘塹壕，構筑工事，待條件成熟后，伺機攻占土倫。
對此，拿破侖很不贊同，于是提出一個完全相反的作戰方案。他認為，上述計劃實際上很難行得通。這是因為：首先，敵人在土倫外圍的防線上，既有堅固的工事，又有良好的地形，還有地面火力和艦炮火力進行支援，可說是炮堅城固，兵力充足，要想從正面攻破，絕非容易之事；其次，正面強攻，倘若久攻不克，形成對峙，那就勢必遷延時日，使敵人贏得調集援兵和鞏固防御的時間；第三，正面進攻即使得手，也很容易迫使敵人燒毀倉庫、炸毀船塢、破壞軍械庫，攜走全部法國軍艦，甚至洗劫土倫全市，一旦出現這種情況，對于迫使敵人投降和保全整個城市，顯然都是不利的。
既然如此，那么，奪取土倫的最好辦法又是什么呢？拿破侖提出，應該首先集中主要兵力，攻占港灣西岸的馬爾格雷夫壘，奪取克爾海角，然后，集中大量火炮，猛烈轟擊停泊在大、小停泊場內的英國艦隊，切斷英國艦隊與土倫守敵之間的聯系，迫使英艦撤出港口。如能這樣，則土倫守敵在一無退路、二無援兵、三無火力支援的情況下，必然不攻自破。這時，法軍即使只有不大的兵力，也可以迅速攻占土倫。
拿破侖還進一步提出：為了有效地封鎖大、小停泊場，使英國艦隊無法立足，法軍攻占小直布羅陀和克爾海角之后，應立即在埃吉利耶特海角和巴拉去耶海角各設一座大型堡壘，并且應分別配置30門發射36磅炮彈和24磅炮彈的火炮，4門發射16磅赤熱炮彈的火炮，以及10門戈美爾式臼炮，以便構成足夠的火力密度。拿破侖這一大膽而新穎的作戰計劃，顯示了他敏銳的洞察力和豐富的想象力，使與會人員驚嘆不已。國民公會的特派員薩利希蒂和賈斯巴林，一致支持拿破侖的設想。據此擬定納新計劃，被立即送往巴黎，并很快獲得批準。拿破侖因此受命擔任攻城炮兵的副指揮。
一個如此重大的戰役行動，竟然按照一個年輕指揮官提出的方案來組織實施，當時似乎難以令人置信。然而，后來的結果表明，正是這個普通而又出色的計劃，大大影響和改變了整個戰役的進程與結局。