漢靈帝最近脾氣很大，看宮中任何事物心中都微微不爽，張讓更是大氣不敢出。黃巾軍起義，令漢靈帝慌張不已，失了方寸，最近西北、蜀中、蠻楚四方又報造反叛亂。漢靈帝是飯睡不安啊，他首先令何進率左右羽林和五校尉營鎮守洛陽，在洛陽附近增置八關都尉。保衛好自己都城之后，漢靈帝立即派人召集文武百官，各州刺史州牧別駕郡守什么的，能來的都要來，漢靈帝要來進行一場舉世皆驚的動員運動。
這個時候，張讓召來親腹以及各常侍，如何侍奉好主子，又如何保證下面的官員上面的大臣不會對自家宦官下手。
張讓的宦官集團人人自危，而外戚士子的清議集團趁勢崛起，北地太守皇甫嵩當了請奏第一人，奏請解除黨人之禁，出皇宮錢財作為討伐黃巾軍費。
久在宮中，漢靈帝信息來源閉塞，覺得自己一手推動了黨錮之禍，又如何輕言放棄，久久沉思不已。毫無頭緒地漢靈帝坐在宮殿之上，聽見行走的聲音眼神一撇，中常侍呂強，便把呂強召到身邊，向他詢問自己該當如何處理黃巾起義和大批黨人。
呂強一聽心里細細一想，說道，黨人禁錮多年，積怨甚深，若不赦免，一旦黨人與黃巾聯合，必將危及朝廷。如今我朝大禍乃是黃巾蛾賊，黃巾意在滅我大漢，而黨人只欲手握朝權，黨人之人可赦免矣。漢靈帝一想，正是此理，又想到自己改元大赦天下，何不借此機會同樣赦免大批黨人哉？
靈帝最后下詔，大赦黨人，“黨錮之禍”遂告結束。這大批士子組成的清議集團，再次進入世人眼中。在二月黃巾起義后，三月黨錮之禍解除，四月郎中張鈞便上書，認為張角能聚眾數十萬人起義，根源皆在于宦官。我真是服了氣了，剛出牢獄剛釋前嫌，又重提宦官之事，真是找死的節奏。
就算原因如你所說的那般，宦官父兄子弟、姻親賓客任州郡地方官者，侵害百姓，胡作非為，百姓之冤無處可訴，才鋌而走險。最后得解決辦法也不該是斬十常侍之首，懸于京師南門之處。還談什么起義軍會自行散去，你當張角數十年謀劃布局就憑你幾個人頭就可以唬走？真是初生牛犢，什么也不知曉。官銜這么低，小小郎中，大概是清議集團的拋磚試探吧。
之后，我大漢靈帝看后不語，直接將張鈞表章交給了宦官一一細看，宦官看后皆免冠叩頭，詐稱自愿入獄以使天下平定，并出家財作為軍費。漢靈帝微微一笑，命宦官照常視事，而將張鈞下獄，以私通張角的罪名處死。正是皇帝剛剛放過你們，不提你們從前罪過之時，又要冒犯君顏，去教皇帝如何去做人，你這不是找死么？你起碼要做出一點業績，再跟別人談條件。否則，你們一個剛剛被啟用，重獲新生的兒郎們有何資格去說出條件乎？
清議集團一看，皇帝耍起帝威。君上之威不可犯，立馬積極做事。時黃巾軍主力活動于冀州、南陽、潁川三個主要地區。
北中郎將盧植率軍攻打冀州地區張角所部黃巾軍；左中郎將皇甫嵩，右中郎將朱俊，騎都尉曹操率兵攻打波才的潁川黃巾軍；此時大司農張溫被拜為大司空，張溫率軍平定涼州的邊章、韓遂之亂；益州張修所創立的五斗米教也揭竿而起，益州牧劉焉率兵平叛之。烽火狼煙，遍布九州中原大地。聲勢浩大，各州郡紛紛陷入戰事。一時間，漢朝之朝廷與民間世族之叛亂，令得漢朝內部動亂不堪。北方夷、羌、胡，南方眾蠻也跟著叛亂，整個大漢王朝，最安穩的地方莫過于洛陽，黃巾軍洛陽指揮官馬元義的車裂身亡致使洛陽幾無叛亂。
而自黃巾起義之后，日后名揚天下的各勢力也開始吞并反叛勢力擴張發展自家地盤，騎都尉曹操、四世三公的袁紹、袁術兩叔侄、白馬義從的公孫瓚、我主孫權之父孫堅、我主孫權之妹婿劉備等。黃巾起義造就了各勢力的崛起，使得大漢王朝陷入群雄割據的局面。
在穎川前線朝廷與黃巾軍連續作戰失敗的局面下，右中郎將朱儁建議撤退。騎都尉曹操則請火攻夜襲，波才領導的黃巾軍是一只雜牌軍，沒有經歷過戰爭，不會布陣，缺乏作戰經驗，就看他們依草結營的架勢，我們乘夜縱火偷襲，即便他們驚覺，以他們一群農民草頭兵的心志，安定不了軍心還會擾亂軍心，勢必其軍傷亡大半。
于是乎，左中郎將皇甫嵩同意曹操建議火攻夜襲，朱儁表示附議試試看。皇甫嵩實行曹操建議后，在一把火勢下，攻下穎川，接下來開始豫州保衛戰，接連推下陳國、汝南、東郡。
接著，官至鎮賊中郎將西鄉侯的朱儁率軍赴南陽，對陣南陽黃巾軍指揮官張曼成。左中郎將都鄉侯皇甫嵩則率軍前往兗州東郡作戰。而北中郎將兼任尚書的盧植則因左豐一小小宦官讒言而被罷免，由東中郎將董卓接任冀中戰事總指揮官。
宛城爭斗戰一直持續了三個月，宛城一直在黃巾軍和朝廷手里輪換控制，百姓苦不堪言，這樣的事情并不是只有宛城這一起，在多地均有類似事情發生。最終張曼成身亡，朱儁前屬下秦頡就任南陽郡守。
緊接著，張曼成部將趙宏又率南陽殘余黃巾軍攻下宛城，朱儁又復回軍與爭奪宛城控制權。期間受到后方為政者質疑，因南陽黃巾平叛未定，死灰復燃朱儁有過。還好朝中有識大體者。最終朱儁攻破宛城，趙宏身死，而韓忠被重新推舉為首領，在韓忠身亡之后，孫夏又被推舉為帥，在孫夏身亡之后，殘軍終無力在占據宛城，四散奔逃而去。朱儁終解決南陽黃巾，感慨萬千：“為賊者，終為賊也。其降，可安一時；不使其降，其之頑強，令人汗顏。宛城一戰，實殺一曼城而已，趙宏韓忠孫夏之流，不過其部旅而已啊！”遂回師洛陽，等待漢靈帝封賞。