在遙遠而神秘的遠古時代，瑪法大陸海拔比現如今低很多，大部分地方都沉浸在茫茫大海之下。據說，那時大海的面積浩瀚無邊，沙漠地帶也分為沉浸在大海里的南部和接壤大海并創造出繁榮文明的北部。北部被巨大的河流分為東北部和西北部。
遠古時代沙漠的原始居民——古瑪法族分散定居在東北部和西北部，各自發展出高度的城市和文明。開始，他們還友好相處，互通有無，保持密切的聯系。然后隨著時間的發展，兩部居民的出現了分歧，并進而引發了一場生死相爭的全面戰爭。延續的戰爭割裂了兩部居民的文化和血脈聯系，他們視對方為不共戴天的仇人，孩子們在長大時接受的都是對異族的怨恨。
戰爭在遠古大陸上時刻發生，破壞和死亡在到處彌漫。終于，兩部居民開始動用祖先們視為禁忌的毀滅力量，毀滅力量帶來了不可想象的結果，城市開始荒蕪，部族開始消亡，文明式微乃至瀕臨滅絕，但戰爭的車輪無法停止。
在那些經歷了許多滄桑的智者圈中，都流傳著一種言論，毀滅力量將給兩支分裂的神族帶來不可逆轉的厄運。但是，把勝利和超越前人的榮耀看得比民眾生命還重要的國王和他的大臣們并不相信這種謠言式的論調，他們繼續窮兵黷武。
東北部城市的國王為了扭轉戰局組建了龐大了艦隊，并由自己親自指揮。但在一場決定性的、關系到成敗存亡的戰役中慘遭潰敗，絕大部分的東部將士都隨著艦隊的覆滅而陣亡，國王也戰死在戰艦上。
在打敗東部城市之后，西部城市成為了這個大陸的統治力量，在和平到來的最初的幾年里，西部的人民充滿歡欣，一片歌舞升平，以為從此可以過上安定的生活，不再顛沛流離，面對恐懼和死亡，然而，出人意料的事情卻很快地出現了。
西部城市的沿岸某著名港口，岸邊人們正一如平常地忙碌著，忽然有人發現一艘失蹤了一段時間的商船不知從什么地方漂了回來，船上空無一人，卻一片狼籍，沒人知曉在這艘船上曾經發生了什么。類似的事件接二連三的發生了，出事的船只越來越多。更可怕的是港口也開始受到了奇怪的戰艦的襲擊，造成了很大的傷亡。籠罩在恐怖氣氛下的沿海居民向城市官吏發出了強烈的求救請求。
朝廷的官吏們開始的時候認為這只是漁民們的迷信活動，但不斷接到相關的報告使得他們也不得不重視起來。朝廷的特派官員來到了港口，在眾多護衛的嚴密保護之下他目睹了奇特的一幕：幾年前就沉沒了的、本應在大海中慢慢腐爛的東部城市的戰艦在海邊的濃霧中時隱時現，甲板上魔影幢幢，最為可怕的是東部城市的國王身著盔甲屹立在那，面目猙獰，嚇得特派官員差點昏了過去。回去之后他立即把這個情況一五一十的告訴了大王和上級官吏們。在無比的震驚中他們迅速做出了派遣清剿部隊的決定。
在一批比一批更強大的精銳部隊有去無回之后，西部城市的國王力排眾議，親率大軍出發了。然而一場殘酷之極的廝殺之后，在無數忠心耿耿的部下拼死護衛下，西部城市的國王僥幸逃脫了性命，帶著幾個僅存的部下逃了回來。
喘息未定，慶幸之余，西部國王想起當年曾經耳聞的智者圈中流傳的言論，不禁渾身冷汗，他馬上派人召集智者，開始研究打敗幽靈戰艦的方案。智者們指出之所以會出現這場災難就是因為當年使用了毀滅力量，他們說要戰勝這場災難必須找到傳說中打開異界之門的道力護身符——連環明珠。
西部城市王抱著贖罪的心理親自找到了連環明珠，盡起全國僅剩的精銳再次出海。在艱苦的戰斗中連環明珠發揮了作用，全體將士齊心協力終于把幽靈戰艦推進了通往異界的大門，但那股強大的力量同時把西部艦隊也卷了進去……
失去了國王的西部城市走向沒落。隨著城市和文明的沒落，幽靈戰艦和為了封印幽靈戰艦犧牲的西部國王的故事也被漸漸人們所淡忘了。
千百年過去了，斗轉星移、桑田滄海的變幻中，瑪法大陸的沙漠面積不斷擴大，原來的大部分海洋和許多的城市逐漸變成了沙漠，整個東部地區完全淹沒在沙漠之中。
沙漠是個可怕的地方，嚴酷的自然環境造就了可怕的怪物，通常行走在沙漠里的都是強悍的浪人和有特殊本領的高手，關于他們的一些千奇百怪的故事在沙漠附近的村鎮不斷流傳。
有一天人們在沙漠的邊緣救起了一個昏迷的浪人，他在昏迷中的囈語讓人們意識到又有不尋常的事發生了。他醒來之后，斷斷續續地訴說了自己的可怕遭遇。
原來他在漫天黃沙中突然遇到了一艘巨大的神秘戰艦，神艦內部有無數個寂靜的房間，規模不亞于一個能容納萬人的城市。然而甲板上到處都是殘斷的尸骸，還有早已繡成褐色的斑斑血跡。角落里隨時都會有各種不知名的可怖怪物襲來，令人窒息的邪惡力量充滿了這個空間。
聽了他的講述，人們都覺得有點匪夷所思，難以置信，然而從此之后大量失蹤事件出現了，關于奇怪戰艦的傳聞也越傳越多、越傳越遠，很短的時間內就傳遍了各門派和平民之間。在傳聞中人們把怪戰艦稱之為“神艦”，把神艦中最可怕的魔頭稱之為?“霸王教主”。?被歷史遺忘的神艦又變成了現實。
在不長的時間內大批大批武林高手的失蹤令人震驚，各大門派為此召開了武林大會。在統一意見，確認是神艦吞噬了這些武林高手之后，為了拯救失蹤者，進一步了解神艦，各大門派決定聯合起來派遣一支人馬潛入到神艦內進行調查。但這個計劃從一開始就遇到了很大的障礙，因為神艦極其神秘，入口的出現沒有時間和地域的規律，無人能夠在茫茫大漠中搜尋到它的蹤跡。
各大門派并沒有因此氣餒并放棄，他們苦苦的尋找各種與神艦有關的蛛絲馬跡，皇天不負苦心人，他們終于找到了線索，在一位占卜師的幫助下艱難的登上了神艦。
“隨著一束刺眼的光束，漫天黃沙在我眼前消失，當我醒來的時候已經身處被奇特天光籠罩的大地……”
站在神艦的入口，眾多高手被如此巨大的詭異恐怖的船艦驚的呆了。神艦分幾層，每層都有著無數個房間，因為對神艦缺乏了解，所以對他們來說神艦簡直就是個大迷宮。高手們試圖探索各個房間，但才走了很少的一部分，就因怪物的攻擊而死傷慘重，無可奈何之下，他們揮淚退出了。
在那些幸存者從沙漠回來之后，朝廷和各門派掌門人想利用他們的記憶來制成神艦的地圖，但每人對神艦的描述都不一致。即使是同一個地方的有的人說往左走，有的人說往右，有的人說往前。造成這個局面的原因人們不得而知，有人認為很可能是充斥在艦內的魔力嚴重影響了他們的視力和記憶，以至他們無法正確地判斷和回憶起當時的狀況。
制成神艦地圖的希望和計劃就這樣化為泡影不了了之了，人們心灰意冷無計可施，只能簡單把神艦歸結為是與現實世界不同的屬于異界的時空幻覺，拼命地祈禱這種幻覺不要進入自己的世界。但極少的有識之士知道不是那樣的，神艦是真實的存在著的，它時時刻刻威脅著我們，這些大智大勇的人殫精竭慮，從沒有放棄過尋找神艦并將之完全消滅的想法和行動。
隨著生還者數的增加，雖然對神艦的大部分情況仍然弄不明白，但神艦的神秘面紗還是被揭開了小小的一角。人們漸漸的知道神艦內藏有許多稀世珍寶，有精美漂亮的道具首飾，有威力無比強大的亙古神兵。在那么多的人葬身神艦之后，更多的武林高手為了得到武器和財寶只身進入到神艦里。
進入神艦的一些武林高手遇到了徘徊在神艦內的靈魂。靈魂自稱是遠古時代的大王，并把神艦的一切源源本本地告訴了這些武林高手們，人們這才知曉了神艦的來歷，以及隱藏在那些斑斑血跡之中的驚天地泣鬼神的歷史事件。靈魂說他發誓要毀滅神艦，如果不能把神艦毀滅并將之送回異界，自己會永遠為其所困，即便死了也不得安寧。他目前正尋找能為自己實現這個夢想的勇士，但這個任務之艱巨幾乎非人力所能為。已經有很多武林高手來進行嘗試，但還沒有人能獲得成功，絕大多數人都白白送了性命。
連名字都失去的西部城市國王的靈魂為了實現自己生前的宿愿一直都徘徊在神艦內，他在不斷的尋覓，也許他要找的勇士已經走在趕來神艦的路上，但在這個勇士趕到之前，他依然只能徘徊和尋覓。
在與魔怪漫長的斗爭中，古代的英雄曾祭出過很多的“困魔咒”，“困魔咒”因怪物魔力大小的不同所發揮出的作用和限制力也有所不同。相對來說，弱小的怪物受到的限制比較小，侵入到瑪法大陸比較容易，但對具有強大魔力的怪物，“困魔咒”可以起到非常大的作用，使他們不能輕易不能解困而出對人類造成巨大的傷害。
神艦內的霸王教主很清楚自己不能破解困住自己的擁有強大魔力的“困魔咒”，所以他制作了消除“困魔咒”的護身符，他曾經利用這個護身符成功的侵入到了瑪法大陸，給人類帶來了巨大的浩劫。在他肆虐最烈的時候人類的八個英雄橫空出世將其擊敗，他的大部分屬下都被消滅，最后連他的護身符都被搶去。
被英雄們趕走的霸王教主為了儲備力量想回到異界，他利用弱小的怪物儲備力量，怪物們吸取進入神艦內的武林高手們的力量來激發霸王教主的力氣。但霸王教主仍然對異界之門毫無辦法，只能對著異界之門發出充滿痛恨的怒吼，因為要想進入異界需破解圍繞整個異界的“困魔咒”，而破解“困魔咒”則需要護身符。
武林高手在與神艦怪物斗爭的過程中，困惑地發現怪物們不斷的獲得重生和增多，他們終于明白單純地和怪物作戰是無法消滅怪物的，要想徹底地消滅怪物必須先鏟除怪物背后的霸王教主，但人們要想到霸王教主所居住的地方也需要用護身符來破解“困魔咒”。
護身符成了整個神艦問題的關鍵。但誰都不知護身符到底在哪里。