軍隊的管理，朱由檢不想讓內閣插手進來。所以，對建立自己的軍事輔助機構，朱由檢從未征詢過內閣幾位宰相的意見。
但是，朱由檢決定要成立一個自己直轄的軍事輔助機構后，還是要找人商量的。而在南京朝廷，朱由檢最信任的人，是王承恩和史可法。
王承恩自不必說，崇禎皇帝的死忠，可以跟崇禎一起上吊的那種死士。而史可法則是歷史證明的忠于大明朝的大忠臣，現在又得到朱由檢賞賜，有了一塊丹書鐵券，自然更加忠于朱由檢了。
根據腦海里瀏覽器上查到的資料，朱由檢對這個軍事機構的組成模式已經有了一些眉目。
國家首腦的軍事輔助機構，明朝有五軍都督府、清朝有軍機處、后世有軍管會、老美有軍師聯席會議、扶桑有樞密院。朱由檢從這些機構中汲取了適合自己使用的組織架構，準備用于組建自己的軍事輔助機構。
只是，他還需要有人將他的決策與明朝的實際情況結合一下。所以，這事必須要找一個軍方重臣商量，讓他給自己參謀一下。
王承恩雖然兼職了錦衣衛指揮使的職位，品級很高，但畢竟錦衣衛人數規模太小，加上王承恩的過往經歷，導致他軍事水平不夠。而史可法，一直在軍方任職，對明朝的軍事情況顯然比王承恩和朱由檢都要了解得多。因此，對這個事，朱由檢主要是征詢史可法的意見。
當史可法正在兵部為四個新建兵工廠忙碌的時候，一名宦官帶來了皇上的旨意，召史可法進皇宮商討軍情。
在皇上將軍權全部收回后，南京五軍都督府名存實亡，已經變成了一個聯絡機構，只是負責上傳下達皇上和兵部的命令而已。而兵部，也變成了軍方的后勤部門，對各大防區再也沒有以前的約束力了。
如果不是他一向忠君愛國，那作為原南京兵部尚書兼五軍都督府總督的史可法早就對崇禎帝不滿了。不過，史可法的性格，讓他不會對皇上收回軍權的行為有什么抵觸。他只是默默的配合，更加忠心的為皇上辦事，管理好全國軍隊的后勤事務罷了。
在接到宦官傳旨，讓他進宮與皇上商議軍情的時候，史可法根本不知道皇上要商議的是什么軍情。他以為，皇上找他商量的，又是軍方后勤或兵工廠的事情。
但是，當來到乾清宮，見完禮，皇上說要建立自己的軍事輔助機構時，史可法愣了好一會兒。
“如果皇上感到分身乏術，不能很好的指揮管理全國軍隊的話，可以將兵部和五軍都督府從內閣單獨提出來，歸皇上親自指揮就行了。為何還要再成立一個新的輔助機構？”史可法發出疑問道。
朱由檢搖頭道：“因為以后的軍隊，將更加職業化、正規化，對軍隊作戰功能的分類將更加的多。兵部和五軍都督府都不能很好的達到協助朕指揮管理軍隊的功能，因此，必須重新成立一個機構，來協助朕指揮管理全國軍隊。”
史可法點了點頭，問道：“那皇上心中有什么計劃沒？”
于是，朱由檢將自己心中已有的架構告訴了史可法，史可法表示贊同。然后，他再根據自己的經驗，對其中一些不符合明朝實際的名稱、架構進行了修正。
最后，兩人商議了幾天，再找王承恩、徐孚遠進行參謀，拿出了最后的方案。
以朱由檢的意見為主，最后拿出來的方案，是成立一個直屬皇帝的大都督府，協助皇帝指揮和管理全國的所有軍隊。
其實，大都督府在明朝開國的時候，被朱元璋短暫使用過一段時間，用來協助朱元璋管理全國所有軍隊，但后來被五軍都督府代替。
但是，到了朱由檢這里，明顯不可能再分什么前軍、后軍、左軍、右軍、中軍，也就不可能稱呼五軍都督府了。
而且，朱由檢的這個大都督府，功能也比五軍都督府齊全多了，跟朱元璋的那個大都督府也大不一樣，只是借用了這樣的一個名字而已。
朱由檢的大都督府成立后，由史可法出任第一任大都督，授銜中將，協助皇帝處理日常軍務。
史可法之下，還設立副都督若干名，相當于后世的軍管會副職和成員，但他們管的事不會太多。大都督和副都督之間沒有上下級關系，全部歸皇帝直管。
這些副都督，沒有定員，也沒有職權劃分，相當于一種閑職。
古代歷史上，很多名將在平時是沒有具體管事的，都賦閑在家。只有當發生大的戰爭，需要他們為國效力的時候，皇帝一紙詔書，將他們召喚上朝。
然后，皇帝任命他們為某一方面軍統帥，率領若干支軍隊組成的一支大軍，與敵人作戰。戰爭結束后，向皇帝交卸統帥的職務，領取獎賞若干，然后繼續賦閑在家，等待下一次召喚。
如此，這些統帥，平時跟下面的將士沒有接觸，只有戰時的統兵作戰，就談不上擁兵作亂了。
這是古代皇帝對付一些將領擁兵自重的辦法，朱由檢覺得好，就將之抄襲了過來。
但是，現在明軍的軍隊編制、武器裝備、戰略戰術，都跟以前有很大的差別。那些統帥之才賦閑在家，戰時再召喚過來用，可能就不是那么勝任了。
因此，朱由檢需要讓他們像上班一樣，長時間研究大明軍隊的編制、武器、戰略戰術，并到軍隊當中去實地查看當前明軍的訓練、作戰方法。如此，當他們真的統帥大軍上戰場的時候，才不會出錯。這些副都督的職位，就是為這種人設立的。
身在大都督府，可以每天接觸大量的軍事機密，了解明軍的情況，熟悉明軍部隊，還能互相討論戰略戰術，這將為他們將來統兵作戰提供便利。
到時候發生大規模的戰爭，需要幾個軍，甚至幾個防區聯合作戰的時候，就要任命一個方面軍統帥了。這個統帥，就將由皇帝任命，從這些大都督府的副都督中進行挑選。