隨著左夢庚去職，馬士秀等人被強制調到外地任職，左良玉一系留在湖廣防區的其他將領失去了領頭的人，無法形成合力跟軍區角力了。

　　而何騰蛟、袁繼咸上任后，又通過人事調任將這些將領交叉調往其他地方任職，逐漸將軍隊中的私兵色彩消除。沒有了親自招募提拔心腹手下，這些將領也成了一個普通的中高級軍官而已，不再具有蠱惑部下跟上司對抗的實力了。

　　掌握住湖廣防區后，楊毅加快了對各大軍區的軍事改革。

　　因為稅收的增加，有足夠的財力支撐軍事開支后，楊毅廢除了明朝的世襲軍戶衛所制，改為募兵制。

　　戰時打仗、閑時屯田的衛所制已經不適和現在戰爭中對官兵軍事素質越來越高的要求。

　　即使不打仗的時候，正規軍官兵們也應該要進行各種訓練，而不是去耕種土地、自給自足。只有平時多流汗，戰時才能少流血。平時不訓練，上了戰場也是烏合之眾，不堪一擊。

　　其實，明朝末年因為衛所制的種種缺陷，在戰場上屢屢失利，明軍已經產生了大量的逃兵。為了補充兵員，各地將領都或多或少進行了募兵。只不過，這個募兵只是朝廷默許的各地將領私下的動作，沒有形成正式的軍事制度。

　　軍戶衛所制相比募兵制，在戰斗力上懸殊非常大。這一點，可以參考實行募兵制的戚家軍和其他明軍部隊的戰斗力對比。

　　就是因為衛所制的官兵不是職業軍人，還要兼顧農業生產，不可避免的耽誤了軍隊的訓練，也降低了士兵的戰斗力。因此，楊毅現在就以朝廷的名義正式廢除衛所制，改為募兵制了。

　　原來的軍屬土地，全部收歸朝廷，轉為國有農場，雇傭原來的軍戶進行耕種。

　　原來的府兵，全部轉為職業軍人，全職當兵。配軍銜、發薪餉，正式開啟全局性的職業軍人時代。

　　當然，為了避免老百姓爭相逃避當兵，不響應軍隊的招募，楊毅也規定了每一個16歲以上、35歲以下，身體健康的非科舉官員成年男子，都必須至少要服兵役三年。如果是海軍等技術要求更高的兵種，則要服役至少四年。

　　這個兵役當兵的去處，不限于正規野戰部隊或海軍，還包括地方城衛部隊、巡捕等等。

　　為了適應高強度的訓練要求，現有的部隊中有些年齡、身體不符合新規定的士兵，給予遣散費予以遣散。

　　然后，根據當前戰爭形勢的需要，楊毅對各大軍區所屬部隊進行了一些調整，并按照軍、師、團、營、連、排、班的編制進行了改革。

　　從崇禎十八年年底開始，經過半年的努力，至崇禎十九年六月，大明帝國全國軍隊才完成了所有的制度改革工作。

　　除禁軍之外，整改后的全國正規野戰陸軍為36萬人，然后每個軍配備兩千多人的全職后勤部隊，總數4萬人，全軍總人數40萬。

　　原來明朝江南各省的軍隊在60萬左右，現在挑選出來的正規軍卻只有40萬。因此，除了年齡、身體素質不達標被遣散的士兵外，還有十多萬人被充進江南各省地方州府，充當城門守衛、巡捕等等。

　　整編后的直隸防區司令部在南京，節制直隸省，總督為徐孚遠中將，兼領禁軍軍長一職。然后下轄大明帝國陸軍第一軍，駐扎鳳陽府，軍長為金運虎；第二軍駐扎徐州，軍長為夏允彝；第三軍駐扎淮安、揚州，軍長為史德威；第四軍駐扎滁州、和州、瀘州，軍長為黃得功。

　　第一軍到第四軍的駐扎地就是原來的江北四鎮，主要任務就是防備北方李自成的大順軍南下。

　　然后第五軍、第六軍就分散駐守直隸省其他州府如安慶府、寧國府、常州府、蘇州府等地。

　　湖廣防區司令部在湖廣省首府武昌，節制湖廣省、江西省，總督為何騰蛟中將、副總督為袁繼咸少將。下轄大明陸軍第七軍駐扎武昌，第八軍駐扎襄陽，第九軍駐扎荊州。這三個軍也是主要防備北方的。

　　第十軍駐扎常德，防備西部四川的張獻忠。第十一軍駐扎江西南昌、九江，防守江西全省。

　　西南軍區司令部在貴州省首府貴陽，節制貴州、云南、四川三省，總督為解學龍少將。下轄陸軍第十二軍駐扎貴陽，第十三軍駐扎四川播州，第十四軍駐扎云南昆明。

　　廣州軍區司令部在廣東省首府廣州，節制廣東、廣西兩省，總督為張同敞少將。下轄陸軍第十五軍駐扎廣州，第十六軍駐扎廣西桂林。

　　福州軍區司令部在福建省首府福州，節制浙江、福建兩省，總督為鄭成功少將。下轄陸軍第十七軍駐扎浙江杭州，第十八軍駐扎福建福州。

　　然后，鄭成功將他老子留下的二十多萬官商混合部隊，遣散了老弱婦孺，挑出真正的戰艦和海軍士兵，組成1000多艘戰艦、十萬人規模的大明帝國東海艦隊。

　　剩下的武裝商船和數萬水手，則和中央戶部、工部組成大明遠洋貿易集團，展開大宗貨物的遠洋貿易。

　　這個大明遠洋貿易集團，中央朝廷占51%的股份，鄭氏家族占49%的股份，由朝廷任命官員進行日常管理，鄭氏家族派遣代表進行監督。

　　由此，楊毅就將鄭氏家族的商業分離了出來。以后，鄭成功就在楊毅的指示下，專注于海軍戰艦和武器的升級換代、海軍官兵的作戰訓練，以備將來的海戰。

　　概括起來，全軍軍事改革后的大明軍隊，陸軍總共19個軍，42萬人；海軍東海艦隊1000多艘戰艦、10萬海軍。

　　全軍改革完成后，南京兵工廠開足馬力，經過一年多的生產，也存夠了足夠裝備全軍的步槍、大炮等先進火器。

　　對禁軍率先使用的這些先進武器，各大軍區高級將領都曾親眼見識過，早已眼饞不已。

　　因此，楊毅一聲令下，各大軍區總督就帶著后勤部隊蜂擁而至，將各自的武器運回駐地，開始了步槍、大炮的訓練。

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