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四進制造物主

第十六章 GCCGCCAGTTCC

四進制造物主 非奇異矩陣 2553 2022-11-07 12:00:00

  傍晚,他被接二連三的電話吵醒。三家測序公司全都散發著大號拖延癥的氣質,像是約好了一樣,在承諾時效的前一天晚上才和他溝通。

  溝通的內容無非就是懷疑樣本被污染了,所以提前聲明不對測序結果的解讀負責。

  盧赫見怪不怪地一頓“嗯嗯啊啊好好好”迅速把他們都給打發了,隨后郵箱被測序報告塞滿。

  他從床上爬起來,穿戴整齊,甚至用梳子蘸水梳了頭發。

  隨后他鄭重地走下樓,走進細胞間,一屁股坐在電腦前,伸手去手撈椅背,把正在忙碌的菜菜一把拽了過來。

  “歇會兒歇會兒,陪我吃瓜。”

  這次他們率先打開了基因組原始數據。基準30億個堿基對,有效分析了30億個堿基對。GC含量57%。

  怎么還是這么高?

  兩人的腦袋湊在一起,緊盯著屏幕上緩緩滑過的密密麻麻的字符。這次依然是滿屏的紅和綠,但紅多綠少。

  “停!”菜菜指著剛掠過的一段字符驚呼,“你看這段,GCCGCCAGTTCC,這不是終止子嗎?”

  盧赫定睛一看,“是啊,這是轉錄終止修飾點,而且是依賴Rho因子[1]的的轉錄終止。”

  “終止,好多終止,全是終止!”菜菜又一次驚呼,“停!這段,GC區[2]下游怎么沒有TATA區[3]啊。我只知道組蛋白可以沒有GC區,這沒有TATA區的是什么鬼啊?”

  鼠標繼續翻動,兩人逐漸陷入沉默。

  許久之后,盧赫打破了這死寂的氣氛,但從他嘴里說出的并不是菜菜所期待的正經話。

  “真是離譜他媽給離譜開門,離譜到家了。”他邊感慨邊點開了剛剛下載好的線粒體基因,在軟件加載期間合了好幾下眼。

  軟件加載完成,線粒體基因沒有太多注釋,可翻了幾下后,兩人還是猶如半截木頭般僵在那里。從地下室天窗投射出的一縷橙紅色的陽光,緩緩從盧赫的臉上掠過,他連眼睛都沒眨一下。

  漸漸的,天色完全暗下來,電腦屏幕上反射出天花板上白熾燈管的輪廓,正好遮擋住屏幕的正中央。

  “GGAGGGCGAGGCTCCGTCCTAGCCTTG。。。”盧赫偏了偏頭,默念著其中的一段堿基序列,重啟電腦進了Linux,然后在命令行下快速敲擊。

  一頓操作下來,他揉著脖子對著黑色背景下一格一格往前爬的亮白色進度條沉思。一旁的菜菜瞇著眼睛念出命令行中的小字:“CRISPR。。。Cas。。。Finder?你不會真以為他會有CRISPR系統吧?這太荒誕了。”

  盧赫揉亂了自己的頭發,“葫蘆上藤上結南瓜。咱們搞研究的,總得有點兒想象力吧。”

  不一會兒,軟件裝好了。他在命令行敲出一大行命令:perl CRISPRCasFinder.pl -in Stupid_Turtle.fna -out Stupid_Turtle_crispr_cas -def General -cas -ccvr -ccc -gscf -keep -html -cpuM 32 -cpuP 32 -xr 555 -md 50 -t 50

  按下回車鍵后,藏在桌子背面的大機箱嗡嗡地運轉了起來。

  “法國人搞出來的開源軟件,能預測CRISPR序列和Cas的位置。他究竟是不是大細菌,是什么樣的大細菌,等會兒一目了然。”

  他說完戳了戳還在發愣的菜菜,“喂,怎么還僵著呢。你對新事物的接受能力完全不行啊。看來老呆在這兒干體力活也不行,回頭你每周給我做兩次文獻匯報吧。記得看最新的,保準跟科幻小說一樣給你看得一愣一愣的。”

  進度條一點一點往前走,即將100%。菜菜目不轉睛神色緊張,好像那些閃爍跳躍的格子是追在她身后的怪物,“你別說話了,我緊張,萬一他是外星人怎么辦?”

  “哈哈。”盧赫笑出聲來,“你可真是太保守了,你應該這樣想:萬一他不是人怎么辦?你之前不是說他是大細菌嗎?”

  正說著,軟件運行完畢,一個本地網頁自動彈了出來。

  Confirmed CRISPRs: 31

  ID: 01

  CRISPR start position: 260130 ---------- CRISPR end position: 260390 ---------- CRISPR length: 260

  DR consensus: GGAGGGCGAGGCTCCGTCCGGGCCGGAT

  DR length: 28 Number of spacers: 3

  ID: 02

  ......

  盧赫稍加瀏覽,連連贊嘆,“嘖嘖嘖,31個,還不少呢。”

  身邊的菜菜突然起身,摘掉手套,從-20冰箱里掏出一個帶冰渣的飯團,扔到了微波爐里。一分鐘后,細胞間里漸漸彌漫著蛋黃醬的香氣。

  她打開微波爐,拿出熱好的飯團一屁股坐回電腦前,從抽屜里抽出一張紙,包著飯團,旁若無人地徑直往嘴邊送。

  盧赫在一旁驚地說不出話來。

  吃下一大口后,菜菜嘴角帶著飯粒含糊不清地說:“我腦子轉不動,我餓了,我缺葡萄糖,我心沒你大,我接受不了。”

  盧赫看著面前腮幫鼓鼓囊囊的小倉鼠,不忍責怪。但他也沒輕易放過她,而是懷著惡趣味幽幽開口:“你知道線粒體夏娃嗎?”

  對方連連搖頭,“我只知道Y染色體亞當。”

  “差不多是一個意思。在人類精卵細胞融合時,只有卵細胞中的線粒體被保留,因此線粒體基因是母系遺傳。線粒體夏娃在進化學中被認為是人類的共同母系祖先,即現在所有人的線粒體基因都來自于她的線粒體。”

  “假設,初始種群中有100個女性,或者說是有100個不同的線粒體基因組并且種群數量保持恒定。如果它們在功能上沒有差別,不造成其它的自然選擇壓力,那么理論上在200代之后,最初100個不同線粒體中只有一個就會擴散到整個種群中,其余的全部丟失。這個獨一無二的線粒體的主人,就是線粒體夏娃。”

  “線粒體基因是十分穩定的,每隔600代才能產生具有種群意義的突變。目前,不同種族之間線粒體基因組的差異僅為0.32%。通過追溯不同人種線粒體DNA突變前的原型,線粒體夏娃被鎖定為20萬年前的非洲人。”

  盧赫說完,靜靜期待著菜菜的反應。可對方只是不以為然地啃了一口飯團,“所以呢?你是想說不論我膚色多白手氣多好,都跟你一樣是非洲人?”

  “你個死腦筋啊。”盧赫點了點自己的太陽穴,“想想,用這兒想想。人類的線粒體都遺傳自同一位祖先,海晝天的和普通人的不一樣,這意味著什么?”

  “意味著他不是非洲人?他在20萬年前就和咱們不是一個物種了!”菜菜恍然大悟道。

  盧赫欣慰地點了點頭,“還有,你知道線粒體是怎樣誕生的嗎?”

  “你不會是想提內共生假說吧?”菜菜停止了咀嚼,用紙巾抹掉了嘴角的蛋黃醬。

  “沒錯,你終于上道了。具有氧化磷酸化功能的古細菌,被早期的真核細胞吞噬后,二者形成共生關系。古細菌被困在真核細胞內,逐漸演化成為了線粒體。”

  盧赫又點了點自己的太陽穴,“你品,你細品,是不是細思恐極,還吃得下去嗎?”

  菜菜放下了吃得只剩一口的飯團,取下頭套,揉亂了自己的頭發,“我頭癢,我可能要長腦子了。你的意思難道是,早在15億年前,海晝天就和我們不是一個祖先了,他的祖先吞噬了已演化出CRISPR功能的大細菌,并且把這個功能保留了下來?”

  盧赫點了點頭,“孺子可教也。但這只是其中一種可能,另外一種可能是:他被編輯過。”

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  [1]依賴Rho因子的的轉錄終止:Rho因子是一種大分子蛋白,可結合在新生的RNA鏈上,借助水解ATP獲得能量推動自身沿著RNA鏈移動,但移動速度比RNA聚合酶慢。當RNA聚合酶遇到終止子時便發生暫停,Rho因子得以趕上酶。Rho因子與RNA聚合酶相互作用,使RNA、RNA聚合酶與自身一起從DNA上釋放下來,以防占著茅坑不拉屎。

  [2]GC區:控制轉錄起始的頻率,基本不參與轉錄起始位點的確定。

  [3]TATA區:確定轉錄起始位點,使轉錄能夠精準地開始與結束。

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