平靜沒有多久的忍界再次掀起波瀾，第三代風影失蹤，風之國為緩解國內矛盾把矛頭指向木葉，第三次忍界大戰爆發。

　　戰爭剛剛開始，千手綱手就出走木葉，身邊帶著一個小姑娘，靜音，加藤斷的侄女，三代猿飛知道綱手患了恐血癥，所以并沒有追究此事。

　　這次率領忍者部隊的是自來也，卑留呼，千手橙水三人。千手橙水，千手一族分家，擅長水遁，交戰不過數月則被砂忍埋伏，最后結果則是和敵方同歸于盡，很明顯這是一次有預謀的事件。

　　身為水遁忍者居然被派往砂之國，幾乎是名眼人都能看出來。隨著千手橙水的死亡，身為木葉的開創者千手一族徹底消失在木葉。

　　這一年再不斬、伊比喜，犬戎花、宇智波鼬出生。

　　戰爭爆發一年后，由于風火的開戰雷之國蠢蠢欲動，旗木朔茂帶隊執行秘密任務。在任務過程中遭受埋伏，在面對任務與同伴，旗木朔茂選擇同伴。

　　任務失敗，旗木朔茂遭受同伴和村民的指責，最終選擇了自殺。

　　在水之國，邁特·凱和不知火玄間遭遇忍刀七人眾，邁特·戴突然出現開始了八門，救了兩人。

　　同年不知火玄間、琳升為中忍，幻鬼丸出生。

　　不知是何原因三代土影兩天平大野木竟然命令忍者埋伏三代雷影，難道是見到對方一行人好欺負，還是覺得干掉三代雷影就能吞并雷之國。為了掩護村內的未來，三代雷影果斷留下阻擋。

　　三代雷影大戰土之國一萬忍者一天一夜，最終力竭而亡。

　　由于忍刀七人眾的原因水之國向火之國開戰，九保、月光夜舞兩人抵擋水之國攻擊。

　　同年凱、阿斯馬升為中忍，白、手鞠出生。這一年水無月一族已經遭到霧忍迫害。

　　這一年自來也、沫沫夏利、波風水門對砂忍發起了桔埂山戰役，砂忍戰敗，火風之戰結束。兜做為蝎的間諜被木葉醫療班班長收養潛入木葉。

　　水之國霧忍陷入內亂，村內對血繼家族的矛盾到達頂尖，由此火水戰爭不了了之。兩國戰爭結束后，月光夜舞由于在戰爭中受傷不久病逝。

　　夕日紅、靜音升為中忍，紅豆畢業開始接受大蛇丸指導。

　　同年勘九郎、托斯、軍麻呂、薩克出生。

　　一年后卡卡西升為上忍，神無昆戰役爆發，宇智波帶土（死亡）相遇宇智波斑。同年波風水門使用飛雷神之術秒殺五十名上忍，金色閃光之名傳遍忍界，火土之戰結束。

　　千代使用俯身術將一尾封印在還是胎兒狀態的我愛羅身上，開始培養新一代人柱力。

　　同年伊魯卡忍者學校畢業，天天、左右近兄弟、多由也、日向寧次、李洛克、次郎坊、鬼童丸出生。

　　木葉48年，三代退位，波風水門成功競選，成為第四代火影，同年九尾襲擊木葉。

　　劇情一如既往的發展，九尾被阿飛通靈出來，三代火影帶領忍者迎擊九尾。

　　四代呢？三代問向一旁的暗部。

　　不知在何處”暗部如實回答。

　　那八節大人在何處?！?p>　　早在月前就離開村子，說去游玩了。”

　　居然在這種時候”三代不禁惱火，能輕松制服九尾的人卻不再。自來也身在火雷邊境鎮守，大蛇丸肯定不知跑到哪做實驗了，莫沫夏利似乎出去找綱手玩去了，九保似乎去突破去了，至于其他人則根本沒有實力面對九大尾獸中最強的九尾。

　　為了身后的家人，為了身后的家園，大家撐住，撐到四代來”隨著三代的帶頭木葉的忍者像不要一樣沖向九尾。

　　此時的天下坐在火影巖上注視著眼前的一切，八節老師，這樣做好嗎？身后九?，F出身影。

　　你不也是一樣嗎？天下還是一如既往的坐在那“怎么，你現在怎么敢透露身份了，你不是一直在隱藏的嗎？

　　呵呵，老師，在怎么隱藏也躲不過你的眼睛啊！九保一臉微笑的說。

　　我可以清楚的感覺到你的氣息增強了，還是說你認為你不遜于我了，不必在隱藏下去了?！?p>　　呵呵呵呵，九保沒有說話只是一直在微笑。

　　是嗎？

　　天下拍了拍衣服站了起來轉身走向九保，此時九保發現自己根本無法動彈，異能瞬間發動，還是沒有絲毫反應。

　　知道嗎？你自以為很強，但在我眼里根本不算什么，在這個世界上，可以秒殺你的一掌之數”說完天下轉身消失不見。

　　喝，喝，九保跪倒在地大口的喘著氣，在剛才的一瞬間，對方的氣勢壓身時九保以為自己死定了。

　　就是你的實力嗎？而且在這個世界還不知你一人，真是讓人恐怖??！就算到了五節也根本不可能是對手，但是第六節、七節、十節呢？

　　此時四代已經和九尾交上了手，并使用尸鬼封印，論實力四代可能不是九尾的對手，但是完全可以撐到封印班的到來，就是為了讓辛玖奈和鳴人見上一面，還有那未來的危機嗎？

　　木葉48年，四代火影死亡，九尾事件結束。

　　同年伊比喜、紅豆升為中忍。渦旋鳴人、宇智波佐助、春野櫻、奈良鹿丸、山中井也、秋道丁次、日向雛田、油女志乃、犬戎牙、我愛羅、鄧卡、求劍、洛雪、出生。

　　宇智波斑去世，阿飛找向彌諺三人。

　　時間快速流逝，三代火影重新既位，大蛇丸叛逃、自來也出去尋找大蛇丸。然而讓人沒有想到的是繼三忍之后，鬼忍卑留呼叛逃，磁鐵王出村修煉，魔女隱居二線。

　　一連串的風波還沒結束雷之國突然向火之國宣戰，似乎想趁木葉空虛下手。

　　此時抵抗云忍進攻的是早已消散的八色，綠苗猿飛新之助，紫宵、黑夜舞者、紅色夕陽三人抵抗著云忍的進攻。

　　長時間久攻不下雷火開始和談，云忍在和談的間隙擄走日向雛田，被日向日差發現，最終，木葉為了所謂和平，放棄了日向日差。

　　戰爭的結束剩余的八色接連死去，然而瞬神止水的名頭隨著老一輩的死亡開始風聲鵲起。

　　水之國，竹取一族戰斗派因為君麻呂的原因和國內對血繼一族的敵視發起了叛變。這一年八節天下回到木葉，身旁帶著一個小女孩，洛雪。一年后八節天下帶回從山賊手中救出的鄧卡，收為徒弟。小李三人進入忍者學校。

　　同年天下偶遇求劍，求劍挑戰，被駁回，隨后挑戰鄧卡勝，挑戰洛雪敗，同樣被收為徒弟。同年三人與八小強進入忍者學校。