《秒速五厘米》的第一話是《櫻花抄》，講的是男主遠野貴樹因為父母調職而轉校來到東京的小學。一年后，筱原明里轉校來到同一班級。

　　兩人因體弱多病，不擅長運動，而喜歡獨自待在圖書館。雖然年紀還小，可是兩人還是互相吸引，對方在自己心中的存在漸漸變得無法取代。但是，兩人親密的世界因明里再度轉校而悲哀地告終。

　　之后，貴樹一直努力地適應沒有明里的世界。但在中學一年級的夏天，貴樹收...