數碼獸也是有男女之分的，不過，同一種族的數碼獸大多都是一個模樣，比如像是火焰獸、哥布林獸、小鍬形蟲獸等等，看不出來男女。

　　所以，數碼獸一般會通過衣著打扮自己，來突顯自己的性別。

　　在工廠里遇到的那群小鍬形蟲獸，就有一些女性小鍬形蟲獸，會穿花裙子，佩戴首飾表示自己是女性。

　　但是，也有一些數碼獸，外形天生的就能分辨出來男女，比如像拉娜獸這樣，一看就是一個女孩。

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