在擔任內閣首輔的八點半里，申時行一直在居中調和萬歷皇帝與文官集團的矛盾，只是這種矛盾程度已經超過了申時行的想象，他本人也因為這種矛盾而引咎辭職。多年以后賦閑在蘇州老家的申時行聽到這樣的評論“張居正雖剛愎自用但仍有所成就，申時行卻如同一個老好人執政紀律為一張白紙?！保ㄔ跁?27頁）申時行對這種評價不以為然，他認為“如果他自己的執政紀律卻為一張白紙，那么就意味著國家機器正常運轉因此無事可紀，他本人當然沒有到達這個最高的標準”（在書127～128頁）

　　申時行本身具有很矛盾的雙重屬性，一方面他是文官，一方面他又是萬歷皇帝的首輔大臣，這兩種身份之間存在的矛盾我們在上節中已經粗略表述了，而在文官集團內部之間同樣有著很深的隔閡，申時行出生在南直隸蘇州府，家境殷實并不需要依靠做官來謀取利益，而對于那些家境貧寒的士人來說，做官就是改變他們貧寒家庭的最有效的辦法。由于出生和社會地位的不同使得這兩類人經常性的互相指責，張居正行政手段一流能力超群，也不能免俗的收受賄賂，在這里不能簡單的把這歸咎于道德品質問題而是在當時這已經成為了社會的普遍心理：當官就是為了發財。而對于那些家境殷實富有理想的官員來說這就是赤裸裸的“小人”，四書五經的教導讓他們明白做官就是為了拯救天下蒼生為了解決窮苦百姓的實際問題，而現實中那些小人居然以此來謀取私利實在是有負圣賢的教誨。這兩類人的理想和實際水平不在同一個層次上以至于后面達到了水火不容的地步，長褲子看出來這種矛盾也看出來“國家為了解決問題而設立文官，到了今日文官卻成為國家最大的問題”（書61頁），張居正希望通過丈量土地田畝來解決這個問題但由于其意外的離世使得這個問題愈發尾大不掉。

　　張居正的死和眾人在他死后對其的詆毀不由的為后來者申時行敲響警鐘，為了調和這種矛盾所用的方法是禮儀的引導，申時行明白這些文官名義上是人民的公仆但實際上他們是由一群社會精英構成的這個國家真正的主人，為了籠絡這群精英除了用權力來誘惑外更重要的便是用精神的力量來統一他們思想，其中使用最多的便是敕封高級官員的配偶或先祖，通過這種方式來使這些高級官員產生精神的鼓舞，在書63頁，黃仁宇先生認為一個官僚的產生背后有著其家族高昂的成本作為支撐，通過表彰他們的家族來作為全體文官家族的榜樣，我們已經反復強調很多次：明朝本質上是由文官集團為代表的社會精英所掌控的，貧苦的百姓不讀書不明事理在皇權看來是一個被統治的對象，各地的鄉紳雖然能夠掌控當地但既多且雜而且不好掌控，那么對皇權來說最好的手段便是與這些文官集團合作，每一個文官后面就有一個家族，通過這種間接的手段從而可以達到皇權下鄉的結果。

　　但上述的情況是明朝開國之初的情形，當時百廢待興，大多數文官都能夠勵精圖治，精神上的鼓舞能夠彌補物質上的不足，但越到后面這種方式就越收效勝微，到了神宗這一朝就更不可能了，萬歷皇帝看穿了文官集團的虛偽對于他們的建議采取類似非暴力不合作的態度，到了神宗朝后期甚至發展到了高級官員罷官還鄉而萬歷皇帝既不追責也不任用新官員的情況。申時行對于這些問題早有先見之明，在書57頁他說：“上下否鬲，中外暌攜，自古國家未能有若此而長盛久安者也。”這句話可以說是整本書的一個關鍵思想，可申時行又有什么辦法呢？他本身也是靠著張居正的提拔而走上來的，他又如何能解決文官集團內部的矛盾？申時行和萬歷皇帝一樣發現文官集團內部的矛盾，而作為具體的個人，一個個的文官又有著他們自身的矛盾：一方面他們自幼深受四書五經的教誨，認為做官必須要做實事要解決問題，另一方面他們做官又耗費了大量的時間精力和家族的錢財，縱然不為自己考慮也總要為家族的其他成員謀求點什么，或是一官半職或者一些錢財，這樣任用私人結黨營私便不可避免，其中宗族勢力強盛的南方更是如此，申時行作為南直隸的大族成員不可能對此一無所知，可他沒有辦法，前任張居正剛打算解決這些問題便不幸與世長辭，死后文官對他的追責使得申時行如芒在背，如果不考慮這個龐大的集團利益他馬上便會步張居正后塵。于是申時行便只得符合時宜的放低標準：既然文官的私欲已經廣泛存在且不可避免，那么就承認他的存在，他希望文官在滿足私欲的同時能盡量減少并提高為皇帝為百姓服務的意識。因此后世在看待申時行時便是他為循規蹈矩不求有功但求無過的官僚，但如果我們切身去看這段歷史的話我們多少會發現申時行這么做的無奈。但即便已經將標準放的如此之低，申時行的期望依舊不可實現，首先關于貪污受賄，明代官俸低廉，低級官僚如果不收受常例只怕連飯都吃不起，而這些常例也多用于為自身尋求進升的機會，更重要的是如果這些地方官收的常例是不足以滿足地方的必要開支的，明代稅收留存地方過少以至于某些時候官員的已經很低廉的俸祿都不能按時發放，同時明朝的官吏是分開的，吏是由地方官自行雇傭并負責開支費用的，如果不能如此又何以管理我們這個龐大的帝國？而任用私人這個問題又更為復雜，我們上面說一個個具體官員的背后有一個個家族，如果要和這些官員作對就是和全國的精英家族作對，如真如此，那么身為文官集團代表的內閣首輔申時行又該何去何從呢？