戰(zhàn)敗后的帶土決定贖罪，然而斑趁帶土虛弱之際使用黑絕控制帶土發(fā)動輪回天生之術(shù)復(fù)活了穢土之軀的自己。佐助與鳴人、佐井對斑展開了攻擊，結(jié)果斑使用火遁灰塵隱之術(shù)擺脫三人的糾纏，佐助刺穿了斑的右臂，斑感覺到佐助的萬花筒寫輪眼和自己一樣是直勾玉，打算邀請佐助與自己聯(lián)手，但被佐助拒絕。之后斑將九大尾獸重新捕獲，準(zhǔn)備成為十尾人柱力。此時佐助被初代火影傳授能與仙術(shù)查克拉呼應(yīng)并使用束縛住斑的術(shù)，打算以此來阻止斑，而初代選擇佐助的理由是他認(rèn)為佐助很像斑的弟弟泉奈。佐助從空中對斑發(fā)起突襲，卻被斑用“輪墓·邊獄”定住，斑絲毫沒顧念同族之情刺穿了佐助的心臟。瀕死之際佐助回憶起了鼬的話。此時從伊邪那美中重拾自我的藥師兜來到戰(zhàn)場，以仙人模式出現(xiàn)在佐助身邊，他用自己的醫(yī)療忍術(shù)配合已經(jīng)研究完成的柱間細(xì)胞加上二代提供的禁術(shù)對其進(jìn)行救治。在精神世界里，得到阿修羅查克拉轉(zhuǎn)世者力量的佐助見到了傳說中的六道仙人大筒木羽衣，從六道仙人那兒佐助知道了一切的起源，得知自己是六道仙人長子因陀羅的轉(zhuǎn)世。鳴人和佐助兩人在選擇了各自的道路后，接受了六道仙人的力量。佐助蘇醒，獲得了六道仙人贈予的“輪回眼”和封印術(shù)式“陰之力”，能觸碰斑的黑棒而不受影響，他利用第二代火影的飛雷神之術(shù)同鳴人匯合，與斑決戰(zhàn)。獲得了六道仙人給予力量的二人實力今非昔比，佐助看穿了斑的輪墓·邊獄，并分析出斑的影子每隔一段時間就要回歸本體的弱點。后來使用“天手力”將斑移動到自己與鳴人中間，兩人合力欲將其封印，危機之中斑使用影子作為替身逃脫。為了對抗實力提升的二人，斑決定集齊自己的一對輪回眼。他以迅雷不及掩耳之勢奪取了卡卡西的萬花筒寫輪眼，并將其放入自己的左眼處，接著斑發(fā)動神威進(jìn)去異空間取回自己的另一只輪回眼。第七班機緣巧合下再次齊聚。此時，斑集齊了自己的輪回眼，從異空間回歸。斑同時施展輪墓和地爆天星對第七班展開了攻擊，鳴人使出六道仙術(shù)和影分身對抗輪墓，佐助開啟完全體須佐能乎飛上天空劈開地爆天星，而斑的所有攻擊其實都只是在為自己發(fā)動無限月讀爭取時間。無限月讀即將發(fā)動，佐助意識到形勢不妙緊急返回地面，使用自己的須佐能乎將鳴人等人保護(hù)了起來，避免被無限月讀的光芒照到。無限月讀施放結(jié)束后，斑打算親手消滅第七班，但此時卻發(fā)生了一件令所有人匪夷所思的事情，黑絕突然從后面將斑貫穿，并聲稱自己代表的是傳說中的“查克拉之祖”大筒木輝夜的意志。地面噴射出大量高密度查克拉，斑的身體因為吸收查克拉過量而不斷膨脹。最終輝夜以斑為媒介復(fù)活了。輝夜立即發(fā)動了“天之御中”，將第七班和帶土轉(zhuǎn)移到異空間，并聲稱要消滅眾人，回收所有的查克拉。眾人猛然發(fā)覺自己身處巖漿之上，危急中佐助通靈出鷹，抓住正在下墜的鳴人。佐助表示救鳴人是因為與其合力才能封印輝夜，而救卡卡西和櫻只是順便的行為，鳴人則說出過去佐助舍身為他擋住白的攻擊一事，暗示佐助救他們其實出于內(nèi)心本能。此時，輝夜開始發(fā)起攻擊，二人聯(lián)手抗敵。黑絕對二人訴說了輝夜的過去，承認(rèn)自己挑唆因陀羅對抗阿修羅、篡改羽衣留給一族石碑內(nèi)容等行為，而這一切都是為復(fù)活輝夜。輝夜強大的實力前所未見，但兩人的實力也有點超出了輝夜的預(yù)計。黑絕提議實行各個擊破，于是輝夜單獨將佐助轉(zhuǎn)移至沙漠世界。佐助使出渾身解數(shù)也無法離開異空間，而此時櫻和帶土合力開啟了空間通道呼喚佐助，佐助在最后時刻使用“天手力”瞬間與遠(yuǎn)處空間互換位置，成功離開沙漠與鳴人重新匯合。看到二人再度聯(lián)手，輝夜也開始擔(dān)心起來，于是她發(fā)動了超重力空間，使出絕招“共殺灰骨”打算結(jié)束戰(zhàn)斗。帶土為保護(hù)二人而犧牲，但也為佐助的瞳力恢復(fù)爭取了寶貴的時間，同時激發(fā)了鳴人的斗志，并且還在自己死后將查克拉附著于卡卡西身上，使其短時間內(nèi)擁有萬花筒的能力。最終第七班在卡卡西的指揮下，進(jìn)行了最后一次完美的配合，封印了輝夜。大筒木輝夜被封印后，六道仙人與17位已逝去的五影共同使出通靈之術(shù)，將第七班、九只尾獸以及瀕死狀態(tài)的宇智波斑從始球空間轉(zhuǎn)移回忍者世界。之后六道仙人解除穢土轉(zhuǎn)生與凈土召喚，17位五影的靈魂回歸凈土。六道仙人希望鳴人與佐助兩人能同心協(xié)力解開無限月讀，但佐助卻突然宣稱自己要發(fā)動“革命”，并揚言要將現(xiàn)任五影處決，接著使用幻術(shù)和地爆天星封印了九大尾獸。鳴人決定出面制止佐助，兩人前往終末之谷展開宿命之戰(zhàn)。佐助否認(rèn)了鳴人追求和平的方式，認(rèn)為要真正實現(xiàn)和平，應(yīng)獨自背負(fù)著全世界的仇恨，使忍界有一個公敵，才能讓人們團(tuán)結(jié)起來。而鳴人是他現(xiàn)存唯一的羈絆。只有親手殺死鳴人，才能完成這個目標(biāo)。兩人在終結(jié)谷展開了勢均力敵的戰(zhàn)斗，最后分別使用螺旋丸與千鳥互相打斷雙方的手臂，柱間與斑的雕像也因此被產(chǎn)生的巨大風(fēng)波所摧毀。隨后兩人因重傷而躺在地上，望著如此堅持制止他的鳴人，佐助表示自己對于鳴人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了結(jié)來贖罪，鳴人則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會分擔(dān)他的痛苦，阻止他身陷黑暗。佐助回憶自己和鳴人邂逅的點點滴滴，最后笑著承認(rèn)鳴人才是這場對決里真正的贏家。之后櫻和卡卡西抵達(dá)終末之谷，為重傷倒地的二人療傷。佐助首次坦然接受內(nèi)心感情，為之前所犯下的錯誤向櫻道歉，并與鳴人一同解開了無限月讀，救出了深陷幻術(shù)中的人們。返回村里休養(yǎng)直至康復(fù)后，佐助告知卡卡西和櫻他即將再度啟程，遠(yuǎn)行他方看一看曾經(jīng)因為自己被仇恨蒙蔽了雙眼而錯過的人和事。佐助婉拒了櫻希望與之同行的請求，并答應(yīng)自己會再度歸來。才離村沒多久，鳴人出現(xiàn)在佐助的面前，把當(dāng)初被自己用螺旋丸劃過的木葉護(hù)額還給佐助。佐助收下護(hù)額，承諾履行忍者的職責(zé)，兩人就此告別。

　　卡卡西與宇智波帶土、野原琳為木葉隱村忍者學(xué)校的同期學(xué)員。被分配到波風(fēng)水門所帶領(lǐng)的班級。在卡卡西年僅12歲，即剛剛成為上忍之時，波風(fēng)水門帶隊去神無毗橋執(zhí)行的一次任務(wù)，水門班和第七班則剛好相反，來自宇智波一族的帶土并不是隊中的精英，而是個性格比較膽小、很愛哭的家伙，故常被卡卡西嘲笑為愛哭鬼。因此最開始宇智波帶土和卡卡西雖在同一隊，但彼此的性格也不是非常合得來。帶土在整篇中雖然比較膽小，但對同伴很重視，他得知琳被敵人抓走后立即要求卡卡西一同放棄任務(wù)也要先救伙伴。后來帶土了解到：卡卡西的父親旗木朔茂是一位了不起的偉大忍者，但在一次執(zhí)行任務(wù)中，為救同伴選擇了放棄任務(wù)，結(jié)果給村里帶來了巨大的損失，他的父親受村人仇視，就連所救的伙伴也反過來指責(zé)他，木葉白牙最后自殺身亡。少年時期卡卡西親眼目睹其父含恨而終，從此以后，卡卡西性格變得冷漠，并且堅持認(rèn)為，身為忍者，不能被感情所影響，有時候為了完成任務(wù)，同伴的犧牲也無法避免。由于琳在任務(wù)中被巖忍們抓走，帶土要求立即先拯救琳，但是如果這樣的話任務(wù)很可能會面臨失敗，自己將會重蹈覆轍，卡卡西毅然決定先執(zhí)行任務(wù)，后解救琳，并且還說感情這種東西只是執(zhí)行任務(wù)的絆腳石，面對卡卡西的這種冷漠，帶土非常氣憤，臨走前他對卡卡西說“違反忍者規(guī)定的人，我們稱之為廢物。可是，不懂得重視同伴的人，連廢物都不如！”并補充說道：“木葉白牙才是真正的英雄！”卡卡西表面若無其事，但內(nèi)心已有所動搖，最終下定決心，先救同伴，趕來的卡卡西為了救帶土而被巖忍大石砍傷左眼。在他們成功救回琳返回的過程中，卡卡西被左方來的碎石擊中并倒在地上，帶土看見，立刻趕回來救卡卡西，自己卻被壓在巨石下，右半身被壓碎。臨終前帶土讓琳用醫(yī)療忍術(shù)將自己剛剛覺醒的寫輪眼，連眼軸一起移植到卡卡西受傷的左眼處，并對卡卡西說：他希望自己能成為卡卡西的左眼，幫助他看清未來。而卡卡西每天遲到幾個小時的理由也是因為去慰靈碑前看望帶土。神無毗橋之戰(zhàn)，這一天，木葉產(chǎn)生了兩名擁有寫輪眼的英雄，其中一人的名字被刻在了慰靈碑上，另一個就是在忍界赫赫有名的“復(fù)制忍者卡卡西”。在神無毗橋之戰(zhàn)結(jié)束后不久，卡卡西和琳就遭遇到霧忍的襲擊，當(dāng)時體內(nèi)已經(jīng)被霧忍們植入三尾的琳為了保護(hù)木葉不受三尾的襲擊而沖向卡卡西的雷切自殺。卡卡西則由于先后失去帶土和琳這兩位同伴而大受打擊，身體和精神都受到連續(xù)不斷的噩夢折磨。身為卡卡西曾經(jīng)老師的波風(fēng)水門為了讓卡卡西擺脫這種狀態(tài)而請求他加入暗部，卡卡西也自此開始了他的暗部生涯。一進(jìn)入暗部的卡卡西被水門安排看護(hù)正在妊娠期的漩渦玖辛奈，卡卡西輕輕松松完成了任務(wù)。直到漩渦鳴人出生，水門為保護(hù)村子而犧牲為止。水門死后第三代火影重新?lián)瘟嘶鹩耙宦殻敬鍒F(tuán)藏為了奪取村子的控制權(quán)利用了卡卡西心中的黑暗，誹謗三代火影。卡卡西陷入了困境，然而卡卡西跟三代火影的談話消除了心中的疑惑。志村團(tuán)藏打算在三代火影前往火之國首都接受任命的途中將其殺死，卡卡西中途背叛了團(tuán)藏使三代得以幸存。三代火影出于大局考慮赦免了團(tuán)藏的過錯。在前幾次的行動中卡卡西發(fā)現(xiàn)了團(tuán)藏直屬暗部-根中存在會使用木遁的忍者，年齡符合之前木葉失蹤的一批兒童。在卡卡西潛入火影辦公室查閱資料時被三代火影發(fā)現(xiàn)，三代對卡卡西講述了這一切的來龍去脈，并告訴卡卡西切勿輕舉妄動。經(jīng)過一連串的事件以后，大蛇丸的人體實驗暴露，但是面對曾經(jīng)自己最優(yōu)秀的學(xué)生，三代火影無法痛下殺手，讓大蛇丸逃脫，但廢了大蛇丸的雙手。第三代指示暗部一定要將大蛇丸帶回木葉，一旦大蛇丸叛逃敵國將會對木葉造成巨大的損失，卡卡西受命前往尋找大蛇丸。與此同時團(tuán)藏表面上與第三代火影“合作”，實則為了幫助大蛇丸逃脫木葉的追殺，于是團(tuán)藏派出了“甲”前往秘密據(jù)點。卡卡西誤闖秘密據(jù)點被據(jù)點的人抓住，但甲暗中救了卡卡西一命，當(dāng)卡卡西再度回到據(jù)點時，秘密據(jù)點的人已經(jīng)全部被大蛇丸殺死，自己跟大蛇丸展開了戰(zhàn)斗。大蛇丸自知再打下去對自己不利便撤退了，卡卡西對甲和據(jù)點唯一幸存的人說“我從來沒有來到過這里，也沒有見到任何人，更沒有發(fā)現(xiàn)大蛇丸”，便離開了他們。志村團(tuán)藏的右眼是寫輪眼，由于多次使用已經(jīng)漸漸失明，而宇智波一族擁有寫輪眼的成員又很難下手，故團(tuán)藏決定奪取卡卡西的寫輪眼。之后團(tuán)藏假借任務(wù)為由使甲和卡卡西一同探查大蛇丸秘密據(jù)點。甲對卡卡西露出殺意時被卡卡西察覺并敗在卡卡西的手下，經(jīng)過與卡卡西的一番對話之后甲消除了對卡卡西的疑惑。這時據(jù)點內(nèi)白磷大蛇復(fù)活，卡卡西拼命保護(hù)甲，最后失去了知覺，但甲并沒有奪取卡卡西的寫輪眼而是背叛了團(tuán)藏。最后卡卡西會見三代火影，將甲從根調(diào)離而分配到了暗部卡卡西所在的一組，甲恢復(fù)了原名天藏。