朱元璋是在洪武三十年(公元1397年)的秋天，朱元璋病倒了。一開始，他病得并不嚴重，雖躺在床上，卻也經常下地活動。朱允炆等人來看他的時候，他有說有笑，看不出一點兒有病的樣子，而且他還曾單獨向朱允炆傳授了自己的治國策略。這年冬天，從西安傳來消息，朱元璋的二兒子秦王朱樉病死。次年二月初，又從太原傳來消息，朱元璋的三兒子晉王朱棡病死。雖說朱元璋早就知道他們兩個身體一直不好，而且對他們兩人生前的所作所為也很是不滿意，但是，畢竟他們是他的兒子，“白發人送黑發人”，這對朱元璋是一不小的打擊，他自此病情開始加重。

　　5年前，長子也即太子朱標病逝，5年后，二子、三子又相繼病死。現在，還剩下的四子燕王朱棣實際上就相當于朱元璋的大兒子了。而朱棣也是朱元璋所有兒子中最有才智的一個。這不能不讓朱元璋為自己性格柔弱的孫子朱允炆擔心。為此，他專門給燕王下了一道手諭：朕觀成周之時，天下治矣。周公告成王曰：誥爾戎兵，安不忘危之道也。朕之諸子，汝獨才智，秦、晉已薨，汝實為長，攘外安內，非汝而誰？爾其總率諸王，相機度勢，用防邊患，奠安黎庶，以答上天之心，以副吾付托之意！其敬慎之，毋??！讓燕王學周公，而且特別表明他的任務就是防守邊疆、安撫百姓，朱元璋可謂用心良苦。他又擢兵部侍郎齊泰為兵部尚書，并諭令齊泰和黃子澄輔佐朱允炆處理朝廷一切事務。而且，他還提前頒下了遺詔：待駕崩之后，太孫允炆嗣位，諸王各自鎮守屬地，一律不準回京。朱元璋還想為朱允炆多做點事情，可是不行了。自四月中旬起，他常常處于昏迷之中。即使偶爾醒來，他的神志也很不清楚。這一年五月初九傍晚，一直昏睡不醒的朱元璋忽然睜開了眼睛。他把朱允炆叫到了身邊，再次告訴了他一些治國之道。朱允炆聽完后，張嘴想問點什么，但最終沒有問出來。他看著滿頭白發、形容枯槁的爺爺，實在不忍心讓他再多說了。這時，朱元璋突然劇烈地咳嗽起來，直咳得整個腰身都成了一個弧形。朱允炆趕緊過去為朱元璋撫背。許久，朱元璋的喘息才略略平止。這時，小張氏抱著寶慶公主走進了朱元璋的寢殿?？吹脚畠海煸把劬σ涣?。他伸出兩條瘦骨嶙峋的胳膊，想最后再抱一抱她，但未能如愿，他的胳膊已經沒有一絲力氣了。洪武三十一年(公元1398年)五月初十，大明朝開國皇帝朱元璋崩殂，終年71歲。