很久以前，在忍者這個概念還沒有出現的時候，有一個叫做大筒木輝夜的天外之人，偷嘗了禁果，獲得了名為查克拉的力量，并試圖終結這個亂世。

　　然而，漸漸的大筒木輝夜迷失在這份力量之中，并且發動了無限月讀，準備將整個世界的人類變成活體兵器。

　　大筒木輝夜的兩個兒子為了保護人類，阻止自己的母親，使用陰陽之力的力量封印了大筒木輝夜，將自己的母親封印在了月球之上。

　　其中一個人就是忍者...