就在煉金之星對于他們后續使命發展方向展開激烈討論之時，一個金屬宇宙生命體進入了地球朝著日本飛去。

　　那是巨人前兩次出現的地方。

　　空中基地。

　　“捕捉到不明飛行物進入地球。”敦子報告道。

　　XIG是國際組織G.U.A.R.D建立的與根源性滅亡招來體作戰的組織。

　　這個組織在怪獸出現時才第一次投入實戰，他們的總部基地在日本的上空，是利用以高山我夢為主的煉金之星...