史可法本人在四月十一日，趕赴天長，檄調諸軍援盱眙，忽然得到報告，盱眙守軍已降燕虜，他對軍隊完全失去了控制，“一日一夜冒雨拖泥，直奔揚州。”四月十七日，燕虜進至離揚州二十里處立營，史可法檄調諸軍增援揚州，但無一人響應。十九日，劉良佐投降燕虜，高杰部許多將領也降，轉而隨燕虜攻打揚州。揚州城中僅總兵劉肇基部和何剛為首的忠貫營誓死不降，兵力十分薄弱。

　　由于揚州城高墻堅，燕虜的紅衣大炮還沒有運到，慕容多鐸派遣使者招降史可法、淮揚總督衛胤文，遭到嚴詞拒絕。四月二十一日，甘肅鎮總兵李棲鳳和監軍道高棲鳳率四千明軍入城，但他們的目的并不是助戰，而是要挾制史可法投降燕虜。史可法毅然說：“公等何為？此吾死所矣！如欲富貴，公等自便。”李棲鳳、高棲鳳見無機可乘，于四月二十二日率所部并勾結四川將領胡尚友、韓尚良一道出城歸降燕虜。史可法以阻止他們出城投降恐生內變為理由，不加阻止，聽之任之。

　　四月十四日燕虜用紅衣大炮轟塌城墻，“城上鼎沸，勢遂不支。”四月二十日，揚州陷落，劉肇基戰死，揚州知府任育民、何剛壯烈犧牲，史可法自刎未死，眾人擁下城樓，大呼：“我史督師也”，被俘。偽燕豫親王慕容多鐸親自勸降，但史可法表示：“城亡我亡，即碎尸萬段甘之如飴，但揚州百萬百姓不可殺剹。”后壯烈犧牲，終年45歲。

　　由于燕虜攻揚州時損失慘重，慕容多鐸立馬于尸橫遍野的揚州城門，下令：“屠城十日不封刀！”傳令兵剛要撥轉馬頭前去傳令，突然響起“叭叭叭……”八聲清脆的槍聲，再看傳令兵被一槍爆頭，慕容多鐸除一槍爆頭外，五肢俱中彈，眼見不活了。眾燕虜抬頭一看，只見一身披紅披風的蒙面大俠立于揚州城樓之巔，手上的鐵棍還冒著輕煙，人類對未知的恐懼讓所有燕虜跪倒塵埃：“神仙爺爺饒命！”“下面的凡人聽著：你們明燕雙方人腦子打成豬腦子本座不管，但若誰要濫殺無辜百姓，慕容多鐸就是你們的榜樣！”說完施展縮地成寸之術傾刻間消失不見。

　　由于慕容多鐸是被神仙所殺，燕虜不敢收尸，直到消息傳到燕京，偽燕皇父攝政王慕容燕下旨，慕容多鐸才被裝進棺材運回燕京下葬。

　　燕虜東路軍主將固山額真準塔到了揚州，收攏慕容多鐸的兵將繼續進攻南京，但一路上才也不敢下令濫殺無辜百姓，總是覺得神仙的神器一直指著自己的腦袋。

　　大明弘光元年（偽燕順治二年）五月初八，燕虜自瓜州渡江，鎮江巡撫揚文聰逃奔蘇州，靖虜伯鄭鴻逵逃入東海，總兵蔣云臺投降，南京閉城門。

　　五月初十日，弘光帝朱由菘下旨放歸所選淑女，當天午夜仍召梨園入宮演劇。翌日凌晨朱由菘率宮中四伍騎出通濟門，不知所蹤。天亮后百官入朝，見宮女、太監、優伶雜沓逃奔西華門外，才知道弘光帝已經逃走。南京全城大嘩，馬士英攜鄒太后出奔，市民救北來太子出獄，扶其入宮，在武英殿登基。五月十二日，朱由菘至太平府，以按察院為行宮。

　　此時靖國公黃得功駐守在蕪湖，黃得功本是建炎帝親軍忠勇營統領，抗燕虜、平流賊，對大明忠心耿耿，積功封靖國公。朱由菘偷偷來到他的軍營，黃得功驚訝地流著淚說：“陛下如果死死地守著南京，我們還能盡力抵抗，為什么聽信奸侫之言來到這里？況且我正在對敵作戰，怎么樣保護你的車駕？”朱由菘說：“除了你朕找不到可以信任的人了。”黃得功流著淚說：“我愿意為陛下效死。”

　　黃得功受了傷，胳膊差點斷掉，用布吊著坐在船上，指揮手下抵御燕虜，已經降虜的劉良佐在岸上喊話勸他投降，黃得功怒斥劉良佐，突然一箭飛來，正中黃得功咽喉，當場殉國。田雄等叛賊沖上御舟，拿下朱由菘投降了燕虜。

　　大明弘光元年（偽燕順治二年）五月，當燕虜逼近南京，兵臨城下時，內閣首輔、東林“嘴炮”領袖錢謙益的妾室柳如是（秦準名妓，八艷之一）勸錢謙益和她一起投水殉國，錢謙益沉思無語，最后走近水池試了試水溫說：“水太涼，不能下。”柳如是奮而投水自盡，卻被錢謙益托住了。

　　五月十五日，燕虜將南京包圍，時偽燕皇父攝政王慕容燕下令：“華族降臣降民必須和燕虜一樣，頭前剃成禿瓢，后面留根豬尾巴。”而華族數千年以儒治國，講究“身體發膚，受之父母，不得毀傷”，因此強烈反抗，因此慕容燕下令：“留頭不留發，留發不留頭。”

　　錢謙益摸了摸頭發說：“頭皮癢得利害”，說完出門而去。眾人以為他拿篦子篦發，誰知他再出來時剃了頭發，留了條豬尾巴，錯諤中群臣紛紛仿效，在滂沱大雨中打開了南京城門，向燕虜主帥固山額真塔布投降。

　　五月二十五日，朱由菘乘無幔小轎在燕虜的押送下進入南京聚寶門，頭蒙緇素帕，身衣藍衣袍，以油扇遮面，兩妃乘驢跟在后面，南京市民紛紛唾罵，用瓦礫、爛菜葉、臭雞蛋向他身上亂扔。

　　固山額真塔布在靈璧侯府設宴款待南明降君降臣，命朱由菘坐于北來太子之下，宴后將弘光帝拘押于江寧縣衙署。

　　大明中興元年（偽燕順治三年）四月，弘光帝、鄒太后、路王朱常淓等大明宗室被押往燕京，五月有人向偽燕皇父攝政王慕容燕告發說故明衡王、荊王密謀造反，于是慕容燕下旨將弘光帝朱由菘、潞王朱常淓、北來“太子”王之明等大明宗室十七日在燕京榮市口斬首。南明就此滅亡，明皇嫡系被斬盡殺絕，燕虜無意中為楚越親王朱慈炅繼承皇明大統掃清了障礙。