話說鯀治水無功，被誅殺于羽山，尸體三年不會腐爛。舜覺得奇怪，親自前去查看，用劍劈開鯀的肚子，從里面誕生一個男孩。這個男孩就是禹，姓娰，字文命，后來被封于夏，稱夏后氏。禹迎風就長，長成一個健壯的男子漢。舜認為這是天意，就讓禹去完成他父親沒有完成的治水事業。
禹治水獲得了舜的大力支持，他派伯益和棄來協助他。伯益是皋陶的兒子，聰明而有見識。上天也派來了童律、烏木由、庚辰等天神幫助他。就連當年幫助軒轅黃帝戰勝蚩尤的應龍和白龍的大兒子赑屃也愿意聽他號令。
禹首先在會稽山召開治水動員會議，所有人和神都準時到達會場，只有父親鯀的老朋友防風氏遲到了。禹想到治水大事，必須先嚴明紀律，給大家立個規矩，于是禹就命令應龍將防風氏殺掉。
會稽山會議上，禹和大家決定，改變鯀所采用的填堵的錯誤治水方法，改用疏導的治水方法。治水工作開始了，要疏導河流，就要實地考察山川地形。禹左手拿著準繩，右手拿著規矩，走遍所有高山和河流，實地丈量地形。
在考察丈量地形的時候，會遇到許多怪物和野獸。如長得像犀牛的讋蚔、人面虎身的馬腹、長得像牛的犀渠，這些怪獸都會吃人，禹等眾人將這些怪獸殺死，為民除害。
他們又遇到了鳴蛇，這種長著兩對翅膀，鳴叫聲像鐘磬一樣的怪物出現就會大旱。他們又發現不遠的地方有化蛇出現，化蛇人面豺身、鳥翼蛇行，它的出現就會爆發洪水。禹正要前去除去這兩個怪物，伯益阻止他說；“鳴蛇和化蛇，一個主旱，一個主澇，它們相遇，必互相殘殺。”果然，鳴蛇和化蛇斗起來了，化蛇把鳴蛇吃了。禹又要上前殺取得勝利的化蛇，伯益又阻止他說：“鳴蛇和化蛇，身上都是劇毒，它們無論誰吃了誰，都會被毒死。”果然不久，化蛇口吐白沫，身體不停地翻騰，一會兒就死了。
在涂山附近，禹發現了一只九尾狐。禹想抓住這只九尾狐，上前去追。九尾狐機敏地逃跑，繞過幾座山頭，九尾狐不見了，卻出現一位曼妙少女。禹和少女一見鐘情，后來結為夫妻。這位少女就是涂山氏。涂山氏愛著大禹，也支持他治水，跟著他洗衣做飯。
禹在河水邊考察時，突然一聲轟鳴，水中濁流滾滾，從水中冒出一個人面魚身還瞎了左眼的怪物，雙手托著一塊青石板獻給禹。禹拿起這塊青石板一看，石板上有畫，畫著中原大地上所有山川的地形，原來是山川社稷圖！大禹非常高興，正要感謝那水怪，可一看水怪已經沉入水里了。原來那水怪正是河伯馮夷所化，自從上次被大羿教訓了之后，河伯老實很多了，不再找妙齡少女，興風作浪了；這次正好大禹要治水，故獻上山川社稷圖，以求立功。
有了山川社稷圖，治水工作的進度大大加快了。禹讓大伙疏通原來被堵塞的河道，又讓應龍在前面用尾巴劃線，開鑿新的河道，將四面八方的洪水引入東方的大海；挖出來的土石讓赑屃馱運去填平萬仞深淵。在治水的同時，伯益和棄還教災民開墾土地，興修水利，種植五谷，以免受饑餓之困。
治水工作進行得很順利，可是在河水流域的洪水總是治不好，今天這里的洪水治好了，明天那里又爆發洪水。一天，有人抓到一只朏朏，一種長得像狐貍的生物。大家正要宰殺朏朏時，朏朏突然開口說人話：“別殺我！我知道河水屢發洪水的原因，是相柳在作怪。”
大家將這事告訴禹，禹讓大家放了朏朏，然后就按朏朏說的地方找到了共工舊臣相柳。只見相柳的九顆巨大的頭不停地吃河堤的土，洪水就從缺口的河堤上溢出。禹大怒，拿起神斧向相柳殺去，應龍也來助戰。禹勇敢作戰，將相柳的九顆頭都砍了下來。相柳被殺流了很多血，腥臭無比，被他的血污染過的地方，寸草不生。相柳死的地方，形成一片多水的沼澤地，人類無法居住，莊稼不能生長。禹派大家填了三次土，都陷了下去。禹沒有辦法，只好把這里挖成一個大池塘，池塘惡臭無比，魚蝦不能生存。禹又在池塘邊修筑高臺，祭祀諸神。
大禹帶領大家繼續引導河水，卻被龍門山阻擋。經過細致的考察，大家決定必須鑿開龍門山，讓河水過去。于是禹和眾人，還有天神們一起開挖龍門山。禹和妻子涂山氏約定，每到正午，他們就敲鼓，你聽到鼓聲就給我們送飯。
這天，禹覺得開挖龍門山的進度不夠快，于是就化為一只巨熊開挖龍門山，挖落的土石正好砸到鼓面上。涂山氏聽到鼓聲，就去送飯。到了現場不見禹的身影，卻看見一只巨熊。涂山氏被嚇得變成了石頭。等大禹變回人形回來一看，發現妻子已變成了一塊石頭，又想到妻子懷有身孕，就撲上去抱著妻子變成的石頭大哭，不停地說：“還我孩子！還我孩子！”
昊天上帝被感動了，一道霹靂讓石頭裂開，從里面誕生一個男孩。禹悲喜交加，給孩子取名為啟。后人把那塊涂山氏所化，開裂生啟的石頭叫做啟母石。
經過五年時間的開鑿，龍門山終于鑿通了，河水從龍門落下。從此，下游的鯉魚逆著水流而上，許多鯉魚過不了龍門，精疲力竭而死；而能跳過龍門的鯉魚，則會化成龍魚，這就是鯉魚跳龍門。
治理好河水，禹又去治理淮水。話說當年顓頊與共工的大戰，共工舊臣浮游逃到淮水，沉入水里。他用能言善辯的口才，說服了淮水流域最厲害的怪物無支祁，一起興風作浪，為害人類。無支祁的形狀像猿猴，白頭青身，光是頭頸就有百尺長，力氣比九頭大象還大，卻又不失猿猴的靈巧。
禹叫天神童律去捉拿無支祁，童律揮舞著長戟飛轉，但無支祁步履敏捷，閃挪跳躍，總能躲開童律的長戟。禹命令天神烏木由替換童律，烏木由身軀高大，揮舞大刀砍下有如泰山壓頂，但每次烏木由砍來，無支祁總能靈巧地躲開，弄得烏木由累得氣喘吁吁。禹又讓天神庚辰替換烏木由，庚辰揮舞雙劍向無支祁刺去，庚辰比無支祁更敏捷，雙方從水里打到地上，從地上打到天上，無支祁漸漸體力不支，被庚辰擒拿。童律和烏木由緊緊按住無支祁，禹命令眾神用大鐵鏈鎖住無支祁的脖頸，又在它脖子上穿上金鈴，鎮壓在淮陰龜山腳下。而浮游則一直躲在水底，再也不敢出來了。制服了這些水怪，大禹可以安心地疏導淮水入海了。
大禹又去治理江水，他得到巫山神女瑤姬的幫助，瑤姬請來天上的鎮星下凡，化為一頭神牛撞開巫山，使江水暢通。在江水下游的震澤，為了抵御海潮對田地的侵蝕，大禹帶領眾人和天神移動柯山擋住海潮。
大禹一共花了十三年時間，治理好了海、河、淮、江、浙五大水系，丈量了全部高山和河流。識遍各地風土人情，除去了許多危害人類的怪物和野獸。完成了人類治水的壯舉。人類不但消除了水患，還興修水利，提高種植莊稼的技術。大禹得到全天下人民的敬愛。大禹忘我地投入治水工作，曾經三次經過家門，聽到兒子啟的哭聲，都忍著沒有進去，珍惜寶貴的治水時間。大禹身先士卒，鑿山開道，手上全是老繭，身上的腿毛全被磨光了。