木葉五十七年。

　　瀧之國瀧忍村被滅，新的瀧之國成立。隨后兩個月內，七個機構在這里相繼誕生，一批批外來學生被運到了這里。

　　七個機構分別是：文化學院、醫療學院、傀儡學院、忍術學院、農務學院、研究部、封印部。

　　各國流浪的孤兒，被神秘勢力大量收養，年紀小而不識字的，送到文化學院幼兒班。年紀大，但不識字的，被送到文化學院少年班。

　　而那些識字的，將在忍術學院學習一段時間...