——THE DARK SIDE OF DIMENSIONS——

　　前略，法老王亞圖姆的故事在冥界之門的光芒中終結，但在埃及遺跡的考古發掘工作中卻再次出土了法老王的象征之物——千年積木的碎片。得到了千年積木的海馬，使用了劃時代的決斗技術與武藤游戲展開了激烈的決斗。在他們的背后，是一位名為藍神的少年所伸出的陰謀之手......

　　時間的一年后，在故事的開始與虛擬的亞圖姆進行了對決，雖然獲得了勝利但依舊無法解除心結，由于沒能擊敗亞圖姆一直耿耿于懷的海馬為了能和亞圖姆再次對決企圖通過重新拼合千年積木，召喚回亞圖姆的靈魂，期間遭到了本作反派藍神的阻攔，在藍神使用新的千年神器將周圍的人次元化時海馬以公司開發的全新決斗盤的力量彈開了藍神的力量，并與藍神進行了次元領域決斗。

　　在次元領域中上級怪獸的召喚無需祭品，不會產生戰斗傷害，但怪獸遭到破壞時玩家會遭到怪獸攻擊力數值的傷害，在藍神的方界卡組的壓倒性的力量下海馬一度陷入了劣勢，在情急之下海馬召喚出了神之卡「歐貝利斯克的巨神兵」，依靠神之卡的力量逆轉了局勢，之后藍神中斷戰斗離去。

　　距與暗游戲的最后決斗結束后一年，游戲他們看似已經重返日常。此時的游戲已經變得比較成熟，目標是成為游戲設計師，也已設計好游戲并報名參加德國的設計比賽。

　　由于千年積木剩下的碎片在武藤游戲的手中，且需要通過武藤游戲作為宿體才能召喚亞圖姆的靈魂，于是海馬舉辦了比賽召集了武藤游戲和藍神進行決斗。

　　受海馬邀請參加測試比賽，對于海馬執著于讓亞圖姆回到現世是抱著無奈但能理解，即使自身也希望能再見到亞圖姆，卻也知道亞圖姆是早已逝去之人，他們終究無法長久重逢。

　　游戲為了讓被藍神帶走的貘良君回來，先于藍神進行了決斗。

　　在武藤游戲擊敗藍神后海馬與武藤游戲展開了決斗，一心執著于與亞圖姆對決的海馬根本沒有將武藤游戲放在眼里，起初靠著自己新的「青眼白龍」怪獸以壓倒性的力量和游戲互搏，自己召喚的「青眼混沌極龍」、「淵眼白龍」被相繼消滅。

　　在決斗中被游戲告知了亞圖姆已無法回來的事實，但海馬仍然不愿意接受這個結果，企圖使用「死者蘇生」卻被游戲的陷阱卡再次逆轉，在正要接受游戲的攻擊時比賽會場發生異變，被千年輪的邪惡意志支配變成了魔物的藍神歸來。

　　海馬與游戲臨時組隊與藍神對峙，最后海馬犧牲了自己，將千年積木給予游戲，讓游戲呼喚亞圖姆，直到最后一刻仍然堅信著亞圖姆，最后因體力不支而快倒下時，再次見到帶著馬哈德降臨的亞圖姆，亞圖姆歸來打倒了藍神，一切恢復正常，蘇醒的海馬改變游戲只是王之靈魂的容器的想法，承認了游戲也是一位「高傲的決斗者」。

　　故事的尾聲，海馬使用了藍神留下了神器啟動了次元領域決斗系統，將自己傳送到了冥界，與亞圖姆再一次進行了決斗。

　　PS:溟海下章會登場哦～